La Chiesa del Carmine nell’omonima piazza è in un punto nevralgico nel centro storico, a metà strada tra il Castello Ducale e la Cattedrale. Fu edificata nel 1613 laddove sorgeva la Chiesa di Santa Maria della Misericordia, di cui si hanno notizie a partire dal 1525.

La chiesa seicentesca aveva un’aula unica con il solo altare maggiore, sul quale era una tela dedicata alla Madonna del Carmine dipinta da Giovan Bernardo Azzolino, oggi perduta. La cappella laterale e la sacrestia vennero aggiunte nel 1619. Nel 1621 la chiesa completata venne dedicata a Santa Maria del Carmine, dando il nome anche alla piazzetta antistante. Nel 1641, nella sacrestia fu collocato il lavabo in marmo con chiave di ottone. Nel 1717 fu eretto il nuovo altare maggiore, opera di Pietro Ghetti della città di Carrara, consacrato dal vescovo Filippo Albini nel 1718. Nel corso dei secoli la chiesa ha subito numerose modifiche anche a causa dei terremoti che l’hanno danneggiata, fino ai recenti lavori per l’adattamento a Museo Diocesano che ne hanno preservato la semplicità geometrica.
Il Museo Diocesano al suo interno si presenta tuttora a navata unica priva di facciata, a cui si accede attraverso un atrio porticato. Dal 1961 la chiesa non fu più adibita al culto; nel 1996 il Cardinale Joseph Ratzinger, poi Papa Benedetto XVI in visita a Sant’Agata de Goti, inaugurò il Museo.

Le opere raccolte al suo interno provengono principalmente dalle chiese del territorio danneggiate dal terremoto del 1980 e vanno dal XV al XVIII secolo; la più antica è la tavola della Madonna del latte (o delle Grazie) del XV secolo, di autore ignoto, dono dei Frati Minori di Arpaia.
Dall’ingresso parte la vasta produzione di Tommaso Giaquinto (1662-1717): una Deposizione, in cui alla destra e alla sinistra della Vergine il pittore ha collocato le Sante martiri della devozione locale, Sant’Agata e Santa Lucia. Alle pareti i ritratti dei Santi Giovanni l’Evangelista, Giuda Taddeo e Pietro.

Al centro della navata, assai degna di nota è la Croce Reliquiario del XVII secolo proveniente dalla Terra santa, formata da una piramide tronca su cui si innesta la croce latina, in legno di noce con intarsi di madreperla, avorio e resine. Frontalmente presenta lo stemma dei Francescani di Palestina: due braccia che si incrociano, quello di Gesù e l’altro di San Francesco. Sul retro sono intarsiati in madreperla i simboli della crocifissione. Il reliquiario era nella Chiesa di San Francesco e veniva esposto alla venerazione dei fedeli ogni Venerdì Santo. Coronano la navata gli angeli cinquecenteschi in legno policromo dorato ai lati dell’altare, vestiti con tunica e calzari militari, perché membri dell’esercito celeste.

Nelle teche si ammirano paramenti sacri in seta, dei vari colori liturgici, risalenti al XIX secolo, con gli stemmi dei vescovi che li donarono alla Cattedrale. Nella cappella laterale è collocata una statua settecentesca dell’Immacolata Concezione, in legno policromo, che schiaccia la Luna e il serpente.